Đây từng là nơi các Vua thời đầu nhà Trần lập căn cứ địa để củng cố lực lượng phản công giải phóng Đại Việt trong cuộc kháng chiến chống quân xâm lược Nguyên, Mông lần thứ 2, lần thứ 3. Nơi đây còn gắn với sự kiện các vua Trần xuất gia tu hành mở mang đạo Phật.
Sau cuộc kháng chiến chống quân xâm lược Nguyên, Mông lần thứ nhất năm 1258, vua Trần Thái Tông 40 tuổi đã nhường ngôi cho con và trở về Hành cung Vũ Lâm lập chùa để tu hành, mở đầu cho việc xây dựng Hành cung Vũ Lâm. Nhiều cuộc họp quan trọng của nhà Trần dưới sự chủ trì của Trần Thái Tông đã được tổ chức tại đây. Trong cuộc kháng chiến chống quân Nguyên, Mông lần thứ 2 năm 1285, Hành cung Vũ Lâm trở thành một căn cứ vững chắc của quân dân đời Trần. Việc nhà Trần bỏ trống thành Thăng Long theo hiến kế của Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn (Trần Hưng Đạo) và người cố vấn chính cho Trần Hưng Đạo lúc đó chính là Trương Hán Siêu, người Ninh Bình. Với phương kế “lấy không đánh có, lấy nhu thắng cương, vườn không nhà trống, lấy ít đánh nhiều”, được Trương Hán Siêu phát triển thành đỉnh cao nghệ thuật quân sự.
Địa thế trời cho mà Trần Hưng Đạo và Trương Hán Siêu nhìn thấy chính là kinh đô của nhà Đinh với núi non là thành, sông là đường, hang động là cung điện mà các nhà sử học gọi là kinh đô đá. Chính vì địa thế núi, sình lầy, nước mà nhà Trần đã chiến thắng quân Nguyên lần thứ 2, lần thứ 3, trong đó thế mạnh nhất của quân Nguyên Mông lúc bấy giờ là cưỡi ngựa. Nhưng với hệ thống phòng thủ phản công của nhà Trần như trên thì ngựa không còn tác dụng nữa (vì ngựa không thể trèo núi, đi qua sình lầy và lội nước được).
Hành cung Vũ Lâm cũng là nơi xuất gia tu hành đầu tiên của Đức Phật Hoàng Trần Nhân Tông, thời gian vào khoảng tháng Bảy năm Giáp Ngọ 1294.Với tầm quan trọng đặc biệt về văn hóa, lịch sử, thiên nhiên như trên. Hành cung Vũ Lâm hiện nay là vùng lõi của quần thể danh thắng Tràng An (được UNESCO công nhận là di sản văn hóa và thiên nhiên thế giới).
Nằm trên một địa bàn khá rộng, khu di tích Hành cung Vũ Lâm bao gồm nhiều di tích lịch sử như: Cửa Quan, Hành cung, Cống Rồng, Tuân Cáo, Vườn Kho, v.v... đặc biệt ở 4 xã như kể ở đầu bài viết, có mật độ chùa dày đặc ở khu vực Hành cung Vũ Lâm với 24 ngôi chùa cổ tồn tại từ thời Trần đến nay gồm: Chùa Hải Nham, chùa Bích Động, chùa Đá, chùa Linh Cốc, chùa Sắn, chùa Thông, chùa Sở (Ninh Hải); chùa Tháp, chùa Dưỡng Hạ, chùa Kim, chùa Thượng, chùa Phú Lăng, chùa Xuân Vũ, chùa Chấn Lữ, chùa Vàng (Ninh Vân); chùa Tuần Cáo, chùa Hành cung, chùa Hạ Trạo, chùa Khả Lương, chùa Hạ (Ninh Thắng); chùa Khê Hạ, chùa Phúc Hưng, chùa Huê Lâm, chùa Bàn Long (Ninh Xuân).
Khi đến Hành cung Vũ Lâm, du khách sẽ được trải nghiệm sự gắn kết gần gũi với thiên nhiên, cảm nhận vẻ đẹp của những hang đá trên chính những con thuyền do người dân nơi đây chuyên chở để cùng thả hồn, trải lòng mình tận hưởng phút tĩnh tại quyện hòa kỳ diệu với đất trời, núi non để rồi cảm nghiệm những giá trị lịch sử vàng son của một thời quá vãng.